L’infezione da HPV è molto diversa rispetto alle altre infezioni virali. Le cellule infettate dall’HPV non vengono uccise dal virus, che può rimanere all’interno delle stesse per lungo tempo, senza provocare una risposta immunitaria da parte dell’ospite e senza dare sintomi. La persistenza del virus è condizione necessaria di evoluzione neoplastica. Questa evenienza tuttavia non è frequente, in quanto l’ospite riesce nella maggior parte dei casi a liberarsene (clearance virale).

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